De Bunker volgt een team van de Antwerpse cel van de Belgische Staatsveiligheid, die opereert vanuit haar ondergronds hoofdkwartier: de Bunker. Als buitendienst verzamelen de agenten informatie op het veld, om zo tijdig een belangrijke dreiging of ramp te voorkomen. Die bedreiging kan van alle kanten komen: extreemrechts en -links, terrorisme, economische spionage, cybercriminaliteit en sektes. Op het team rust een enorme verantwoordelijkheid en de agenten zijn -door de interne geheimhouding- vaak enkel op elkaar aangewezen. Hun band is hecht, maar de druk is zonder meer groot.

Season 1

S01E011 Black Bloc Pierre Mertens is het hoofd van de Antwerpse cel van Staatsveiligheid, de Belgische geheime dienst. Samen met zijn team, bestaande uit de ambitieuze Farah, IT-expert Rob en Cloé, de benjamin van ‘De Bunker’, gaat hij op zoek naar een aantal kilo verdwenen Semtex. Ze komen op het spoort van Kobe Daelmans, een jongeman die nog niets op zijn kerfstok lijkt te hebben. Wat is hij van plan met zo’n verwoestende hoeveelheid springstof? Is de jongen een ‘lone wolf’ of is er meer aan de hand? Teamleider Pierre besluit zijn jongste teamlid Cloé in te zetten als infiltrant, maar dat verloopt niet zoals verwacht… S01E022 VIP Het team van Staatsveiligheid is diep onder de indruk na de afloop van hun vorige interventie. Veel tijd om erbij stil te staan is er jammer genoeg niet, want de Algerijnse Minister van Defensie, Mourad Djebar, is toegekomen in Brussel voor de NAVO-top. Eind vorig jaar ontsnapte Djebar aan een aanslag die werd opgeëist door de rebellengroep MLA, en dus staat Staatsveiligheid in voor de bescherming van de man die zich een paar maanden geleden kandidaat heeft gesteld voor de volgende presidentsverkiezingen, zeer tegen de zin van de oppositie, die vreest van hij het land wil omvormen tot een militaire dictatuur. S01E033 De Informant Het team krijgt geen vat op een joodse criminele bende, ondanks de goede contacten tussen Farah en haar informant Samuel Bloch. Kunnen ze Bloch nog langer vertrouwen? Wanneer het team te horen krijgt dat een belangrijk sleutelfiguur uit de Joodse terreurgroep zeer binnenkort naar België komt, beseffen ze dat ze dringend een nieuwe informant moeten rekruteren. Intussen doet Alexander een verdachte ontdekking in Pierre zijn kantoor. S01E044 Anonymous Een hacker van het collectief Anonymous laat een boodschap achter op de computer van de minister van Justitie: Chris Rogiers, die in voorlopige hechtenis zit voor cyberaanvallen tegen verschillende overheidsdiensten, moet binnen de 24 uur worden vrijgelaten. Zo niet zal Anonymous een lijst met meer dan 1.000 vermeende pedofielen online zetten. Terwijl het team alles op alles zet om de identiteit van de hacker te achterhalen, wordt ook Robs privacy plots zwaar geschonden. S01E055 Verloren Zoon Het team krijgt geen vat op een joodse criminele bende, ondanks de goede contacten tussen Farah en haar informant Samuel Bloch. Kunnen ze Bloch nog langer vertrouwen? Wanneer het team te horen krijgt dat een belangrijk sleutelfiguur uit de Joodse terreurgroep zeer binnenkort naar België komt, beseffen ze dat ze dringend een nieuwe informant moeten rekruteren. Intussen doet Alexander een verdachte ontdekking in Pierre zijn kantoor. S01E066 Heimat Iwein Van Werde, een vroegere spilfiguur van het extreemrechtse Blood & Honour, duikt na jaren terug op wanneer hij een zaal afhuurt voor een stijlvol privéfeest. Het team vertrouwt het zaakje niet en stuurt Cloé undercover om te observeren. Alles gaat goed, tot enkele onverwachte gasten opduiken. Rob en Farah voeren intussen hun privé-onderzoek naar Pierre, zonder medeweten van Alexander. S01E077 Peaceful Minds Het team doet onderzoek naar Peaceful Minds, een organisatie gericht op mindfulness, die volgens Rob een dekmantel is voor de sekte van Milner. Toch vindt ook Rob geen concrete bewijzen. Hij moet zijn infiltrante Sofie terugtrekken uit Peaceful Minds, maar zij heeft plots nieuwe informatie en ze smeekt Rob om een laatste kans. Alexander confronteert intussen de rest van het team: hij weet dat ze een privéonderzoek voeren achter zijn rug. S01E088 Quarantaine Wanneer het team op het spoor wordt gebracht van professor Felix Tambuyser en zijn bizarre gedrag, wordt meteen gevreesd voor wetenschappelijke spionage. Een eerste onderzoek op de universiteit levert weinig op, maar één ding is zeker: Tambuyser doet moeite om iets te verbergen. De vraag is dan ook wat? Intussen wordt Farah geconfronteerd met het verleden. S01E099 Het Conflict Een onschuldige vechtpartij tussen twee jongetjes wordt door extremisten gebruikt om joden en moslims tegen mekaar op te zetten. Het team doet er alles aan om de situatie te ontzenuwen. Feldmann speelt haar joodse achtergrond uit, maar ook zij kan niet verhinderen dat het geweld verder escaleert. Farah vindt intussen een nieuw spoor naar Chaim Rosenthal, wat een nieuwe kans betekent voor Alexander om hem te pakken. Hij moet echter pijnlijk inzien dat er nog meer aan de hand is dan hij dacht. S01E1010 De Mol Tijdens een inval in één van de schuiladressen van Chaim Rosenthal, verliest Alexander Rob geen moment uit het oog. Toch slaagt Rob erin om de actie volledig te verknallen. Wanneer Farah polst naar de identiteit van de dubbelspion, doet Alexander alsof zijn neus bloedt. Cloé zoekt intussen opnieuw contact met haar vader, wat niet van een leien dakje loopt. Het team staat voor een helse dag, maar dat beseffen ze zelf nog niet ten volle.

Season 2

S02E011 Need to Know (deel 1) De uitwisseling van een verdachte brengt het team van de Antwerpse Staatsveiligheid op het spoor van Bruno Lanssens. Aan wie verkoopt de ambitieuze man gevoelige informatie door? Om meer te weten te komen neemt Alexander een gewaagde beslissing. S02E022 Need to Know (deel 2) Terwijl Alexander wordt gegijzeld, ontdekt het team dat niets is wat het lijkt. Ze besluiten een valstrik op te zetten om in contact te komen met de mysterieuze Russische spion. De jonge Vinnie ontdekt nu ook de waarheid achter zijn aanwerving. S02E033 Red Flags Het is een kwestie van tijd voor de zonderlinge Gert Borlée in actie komt, daar is het team van overtuigd. De enige vraag is: wie of wat wordt het doel van deze lone wolf? Wanneer zijn wapens op een middelbare school terechtkomen, telt plots elke seconde. S02E044 Het Oordeel Na het neerschieten van een jonge student krijgt Farah gewetensproblemen. Het team brengt intussen een moslimextremistische groepering in kaart: daar lijkt iets te broeden, maar wat? S02E055 Biting Bugs Een sociale netwerksite werd gehackt, persoonlijke gegevens werden massaal gestolen. Al snel blijkt dat ene 'Big John' meer weet, maar wie zit er achter deze internetschuilnaam? Het nieuwe teamlid Nina Van Hoof maakt haar intrede. S02E066 Rosetta Wanneer het team bezwarende informatie vindt over de man van Feldmann, komt ook hun grote baas zelf in een mediastorm terecht. Wie heeft het op Rosa Feldmann gemunt en waarom? Feldmann gaat op onderzoek uit, met de hulp van het team. S02E077 Vaderland Een dreigbrief van IS zet het team op scherp: er wordt gevreesd voor een aanslag. Nina gaat te rade bij haar informant, maar dan ontdekt Alexander dat de twee een seksuele relatie hebben. Intussen staat de jonge Hailey plots voor Rob zijn deur. S02E088 Madame Butterfly Een onderzoek loopt vast, en Alexander ziet daarop geen andere keuze dan Farah onder druk te zetten: ze moet zich voordoen als tolk voor een Iraanse zakenman. Maar dan blijkt Farah toch niet helemaal ongevoelig voor de charmes van de man. S02E099 Het Vlindereffect Alexander voelt zich schuldig voor wat er gebeurd is met Farah, maar veel tijd om na te denken is er niet. Een busje van Staatsveiligheid met gevoelige documenten aan boord is namelijk spoorloos verdwenen. Het onderzoek leidt het team naar een dierenrechtenorganisatie. S02E1010 Rafaël Terwijl het team verder zoekt naar de moordenaar van Martine Vanhee, gaat Rob stiekem aan de slag met het dossier van Inès over de moord op hun dochtertje. Hij vindt een spoor dat leidt naar Vic.