Gesitueerd in Boston begin jaren negentig, toen de stad vol was met gewelddadige criminelen die werden aangemoedigd door lokale wetshandhavingsinstanties. Een tijd waarin corruptie en racisme de norm waren, totdat het allemaal plotseling veranderde door wat het Boston Miracle werd genoemd. Een Afro-Amerikaanse officier van justitie uit Brooklyn bepleit verandering en vormt een onwaarschijnlijke alliantie met een corrupte maar vereerde FBI-veteraan die de status-quo gehandhaafd wil houden.

Season 1

S01E011 The Night Flynn Sent the Cops on the Ice In het Boston van de jaren 90 voeren racisme en misdaad de boventoon. Jackie Rohr, een gerenommeerde FBI-agent wiens methodes niet altijd volgens het boekje zijn, moet samenwerken met Decourcy Ward die het corrupte systeem wil ontwortelen. S01E022 What They Saw in Southie High Na een bewogen zondag in de kerk ontdekt Decourcy dat hij een nieuwe machtige vijand in de stad heeft - een die zijn vrouw Siobhan in een lastig parket brengt. Jackie zorgt voor problemen in zijn eigen huis, en zijn wantrouwige schoonmoeder Rosa heeft hem door. S01E033 If Only the Fool Would Persist in His Folly Jackie gaat op zoek naar zijn afwezige informant, terwijl Jenny een doel zoekt en haar passie om lerares te worden weer oppakt. Decourcy werkt aan een plan om de beruchte "Code of Silence" van de stad te doorbreken en een paar verdachten aan het praten te krijgen. S01E044 The Wickedness of the Wicked Shall Be Upon Himself Jackie zet Jimmy onder druk om een stap dichter bij het vinden van de vermoedelijk dode bewakers van de gepantserde truck te komen. Decourcy maakt een verdachte kwaad die moet getuigen voor de Grand Jury. Siobhan komt iets verontrustends te weten over een leider van de Coalitie en maakt zich zorgen dat dit de toekomst van de groep in gevaar kan brengen. S01E055 From Injustice Came the Way to Describe Justice Jackie en Decourcy gaan door met de jacht op het wapen dat betrokken is bij de overval op de gepantserde truck in Revere. Michaela Freda, een lokale verslaggeefster, krijgt een tip over een verhaal dat haar op een verraderlijk pad kan brengen. S01E066 It's Hard to Be a Saint in the City Decourcy komt een stap dichter bij het verband tussen de gestolen wapens en de Revere overval wanneer een insider bereid is te praten. Jenny is niet langer in staat Jackie opdringerigheid te negeren. S01E077 There Are No F king Sides Met de wapenhandelaar van de bende in hechtenis, denkt Jackie dat hij een stap dichter bij de overwinning is. Maar Decourcy is degene die in de positie is om te onderhandelen en hij overweegt om de wapenvoorraad af te sluiten in plaats van achter de kopers aan te gaan. S01E088 High on the Looming Gallows Tree Jackie viert een overwinning voor de camera's, maar achter gesloten deuren bereikt hij een nieuw dieptepunt. Een stralend moment van Decourcy belooft een mogelijke toekomst in de politiek, maar alle trots die Siobhan voelt voor haar man wordt verkwanseld door een onverwacht verraad. S01E099 The Deaf Sage of Pompeii Wanneer een onwaarschijnlijke bron Decourcy in vertrouwen neemt, bedenkt de Massachusetts State Police een plan om arrestaties uit te voeren zonder de hulp van de FBI. Maar uit de weg blijven is niet bepaald Jackie's sterkste kant. S01E1010 Mayor Curley & the Last Hurrah Jackie viert een nieuw moment in de schijnwerpers, maar een vreemd schuldgevoel laat hem nadenken over zijn nalatenschap. Decourcy overweegt wat de beste manier is om eindelijk gerechtigheid te laten geschieden voor de vermoorde bewakers. Jimmy doet een wanhopige poging om zich uit de rotzooi te werken die hij heeft gecreëerd.

Season 2

S02E011 Bill Russell's Bedsheets Wanneer een assistent van de openbare aanklager een overdosis neemt en voor dood wordt achtergelaten, vermoedt Decourcy Ward de betrokkenheid van Jackie Rohr. S02E022 I Need a Goat Terwijl Decourcy de druk op het Ministerie van Justitie opvoert, gaat Jackie in op het romantische verleden van zijn tegenstander. S02E033 Is the Total Black, Being Spoken Jackie ontdekt een van Decourcy's informanten en smeedt een plan om hem als pion te gebruiken om de assistent-officier van justitie in diskrediet te brengen. S02E044 Overtime White & Overtime Stupid Na het zien van Holly op de intensive care, rekent Jackie af met de destructieve gevolgen van zijn acties, terwijl Rickey Townsend zich voorbereidt om te getuigen tegen Decourcy. S02E055 East of Eden Terwijl advocate Karen Shimizu van een lastige agent probeert af te komen, is Jackie op zoek naar een nieuwe missie. Decourcy en Siobhan komen lijnrecht tegenover elkaar te staan in een juridische strijd. S02E066 Don't Go Sayin Last Words Met Anton op de vlucht, worstelt Kelvin om de Braxton Boys te leiden. Decourcy wordt van het onderzoek gehaald en krijgt onenigheid met Siobhan. S02E077 Apophasis In de veronderstelling dat de gebroeders Campbell betrokken zijn bij de schietpartij op het Copeland-terrein, confronteert Jackie Grace, die de criminele activiteiten van haar zoons niet langer kan negeren. S02E088 Pax Bostonia Terwijl Boston rouwt om een nieuw verlies, streeft Decourcy naar gerechtigheid in en buiten de rechtszaal. Ondanks zijn manoeuvres, ontdekt Jackie dat hij niet aan zijn verleden kan ontsnappen

Season 3

S03E011 Gods & Monsters Jackie Rohr, die met moeite de eindjes aan elkaar kan knopen na zijn vertrek bij de FBI, krijgt een baan aangeboden door zijn oude mentor. De voordelen zijn verleidelijk, maar Jackie heeft geen idee waar hij aan begint. Decourcy Ward wil promotie maken, maar wordt afgeleid door slecht nieuws waardoor hij terug in Brooklyn belandt. Siobhan Quays, die haar prestigieuze advocatenkantoor heeft verlaten voor een positie bij de ACLU, neemt een zaak aan tegen een bouwkolos. Jenny Rohr begint vrijwilligerswerk te doen in een buurthuis waar ze een bekend gezicht tegenkomt. S03E022 A Program of Complete Disorder Wanneer Victoria Dryden van huis wegloopt, stuurt Sinclair Jackie om haar te vinden. Caysen wil gerechtigheid voor Russ Wallace, van wie hij denkt dat hij opzettelijk is geëxecuteerd door een ander lid van de Strike Force. Het incident ontketent een ruzie in het huis van Ward in Brooklyn, waar Decourcy voor zijn zieke vader zorgt. Terwijl ze een zaak opbouwt namens haar gespietste cliënt, ervaart Siobhan een toenemende reeks symptomen. Diarmuid Doyle probeert Jenny te helpen met wat haar dwarszit, maar zijn plan loopt op niets uit.  S03E033 Speak When You're Angry In de strijd om de volgende officier van justitie van Boston te worden, neemt Decourcy een duistere zaak aan waarbij een politieagent werd vermoord. Hij roept de hulp in van Caysen, die steeds meer vervreemd raakt van de agenten in zijn eenheid. Terwijl de Drydens hun Victoria probleem proberen op te lossen, zetten de Rohrs Benedetta af voor haar eerste jaar aan de NYU. Ze keren naar hun lege huis, maar zonder rust en stilte. Wanneer Siobhan een verontrustend telefoontje krijgt, duikt een duister geheim weer op.  S03E044 Ugly, Like I Said Terwijl Jackie zijn affaire met Letitia Dryden voortzet, probeert Jenny haar man weer bij de FBI te krijgen. De druk op Decourcy neemt toe wanneer een collega die naar de positie van officier van justitie dingt een veroordeling uitspreekt. Caysen getuigt tijdens het federale proces van Tony Suferin en wordt overrompeld door de gevolgen. Een dreigende interactie geeft Siobhan een idee van waar ze precies tegenover staat in haar strijd voor de Mendoza familie. S03E055 Take Me Home Nu het bewijs tegen Sinclair Dryden zich opstapelt, onderneemt Jackie actie. Terwijl Decourcy vecht om de onschuld van Curtis Whitaker te bewijzen, overweegt Caysen, die wanhopig zijn eigen naam wil zuiveren, een compromis. Siobhan boekt vooruitgang in haar zaak tegen Needham Industries, maar wordt tegengewerkt wanneer een verslaggever vragen komt stellen. Jenny ontmoet een advocaat om de rechtszaak van haar vader te bespreken. S03E066 Tenderness Jackie toont zich kwetsbaar wanneer een gewelddadige aanval het onderzoek naar Dryden vertraagt, maar Decourcy zet door en spoort een lijst op van Sinclair's potentiële slachtoffers. Caysen wordt officieel aangesteld als onderzoeker op het kantoor van het OM, waar hij moet zien te navigeren tussen tegenstrijdige belangen. Siobhan overweegt alles wat ze opgebouwd heeft op het spel te zetten om de waarheid over haar verleden te onthullen. Jenny's verdenkingen worden versterkt.  S03E077 Boston Bridges, Falling Down Terwijl Jenny dichter bij Diarmuid Doyle komt, wordt haar onwetende echtgenoot Jackie uit het ziekenhuis ontslagen, en hij zint op wraak. Siobhan vraagt Decourcy om hulp om Needham Industries in het nauw te drijven, terwijl ze vecht om het bedrog van het bedrijf aan het licht te brengen. Na een doorbraak in de zaak tegen Sinclair Dryden, stuit het OM op een onvoorzien obstakel. S03E088 Whipping Post Terwijl Decourcy zich voorbereidt om Sinclair Dryden voor de rechter te brengen, ondanks tegenwerking van de Suffolk County DA, spoort Jackie een sleutelgetuige op. Siobhan bereikt een schikking namens de Mendoza familie, maar haar moment in de schijnwerpers wordt afgekapt. Caysen krijgt een tweede kans aangeboden door een geliefde. Jenny wordt geconfronteerd met de breuk in haar eigen familie en ontmoet haar halfbroer.